L'élaboration de l'ACI est une petite partie du grand projet de réforme fédéraliste de la RPT, et son histoire est longue. Les cantons ont été engagés dans une loi fédérale à l'obligation d'adhérer à un accord intercantonal, ce qui n'est pas courant, et ce qui ne l'est pas davantage, c'est que les buts de l'accord et une majeure partie de son contenu sont définis dans la loi fédérale et que les cantons ont dès lors une latitude assez limitée. Le plan et le projet ont été développés par un groupe de projet dans le cadre de l'organisation de projet paritaire RPT de la Confédération et des cantons. Le projet a été retravaillé deux fois par la CdC, la première fois en 2000 dans l'optique de sa présentation dans le premier message concernant la RPT, puis encore une fois après l'adoption des modifications de la Constitution liées à la RPT et de la loi fédérale sur la péréquation financière et la compensation des charges (PFCC) par l'Assemblée fédérale. A chaque fois, une procédure de consultation a été menée auprès des gouvernements cantonaux, à l'issue de laquelle le texte remanié du projet a été soumis à l'assemblée plénière pour la délibération par article et adoption. Dans différentes phases, des experts externes ont été consultés. La coordination a été assurée par la direction du projet RPT, à laquelle appartient depuis 1997 un représentant de la CdC, et par le secrétariat de la CdC. La procédure d'adhésion des cantons est en cours. L'ACI entrera en vigueur quand 18 cantons y auront adhéré.