Der Umweltbereich ist im Rahmen der NFA grundsätzlich eine Verbundaufgabe zwischen Bund und Kantonen geblieben. Die neuen, wirkungsorientierten Programmvereinbarungen wurden auf der Grundlage eines mehrjährigen Pilotprojekts in die Umweltgesetzgebung eingefügt. Der Verhandlungsspielraum bei den Programmvereinbarungen ergibt sich im Wesentlichen aus den Vorgaben des Subventionstatbestandes, der Gleichbehandlung der Kantone und der Höhe der verfügbaren finanziellen Mittel. Für die erste Programmperiode 2008 – 2011 konnte das BAFU mit den Kantonen insgesamt 223 Programmvereinbarungen abschliessen. Der Ablauf der Programmverhandlungen ist vom BAFU bereits evaluiert worden. Die Umsetzung der neuen Zusammenarbeits- und Finanzierungsform ist damit im Umweltbereich weit fortgeschritten.